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    ©2003 jrnegre

    AVISO
    2018-12-02

    Allen Institute for Cell Science, otra iniciativa de base celular a seguir

    Hablábamos de Human Cell Atlas y su iniciativa de tipificar las células humanas y en esta orientación hacia las células  hay que nombrar otra iniciativa tan interesante como aquella: Allen  Institute for Cell Science, que el próximo día 8 de diciembre de 2018 cumplirá 4 años y fue puesta en marcha por Paul Allen, empresario - creador con Bill Gates de Microsoft - y de otras muchas empresas, filántropo prolífico que  falleció el pasado 15 de octubre de 2018.

    Dicen ellos:

    Our MissionThe mission of the Allen Institute for Cell Science is to create dynamic and multi-scale visual models of cell organization, dynamics and activities that capture experimental observation, theory and prediction to understand and predict cellular behavior in its normal, regenerative, and pathological contexts.

    También dicen:

    Launched with a contribution from Paul G. Allen in 2014, the Allen Institute for Cell Science will serve as a catalyzing force to integrate diverse technologies and approaches at a large scale in order to study the cell as an integrated system: something that traditional academic labs cannot do. Our inaugural project, the Allen Cell Explorer, will be a novel visual, dynamic, predictive model of the cell that will accelerate cell biology and biomedical research.

    Dijeron en Nature sobre la iniciativa cuando se puso en marcha:

    The Allen Institute for Cell Science, was launched on 8 December, will be modelled on the Microsoft co-founder’s Allen Institute for Brain Science in Seattle, Washington, which since 2003 has spent hundreds of millions of dollars creating a series of ‘brain atlases’ that have become go-to portals for neuroscientists interested in where particular genes are active or how distant neurons communicate.

    Lo que están haciendo es:  a partir de la línea de iPSC denominada WTC (wild type C) producir lineas celulares con estructuras subcelulares etiquetadas con fluoresceína (FP). En cada estructura ( ver listado abajo en tabla) identifican una proteína cuyo gen codificador etiquetan con fluoresceína y ello llevará a proteinas con fluorescencia que permite ver el comportamiento de la estructura.

    Before initiating our editing efforts, we engaged the cell biology community to identify proteins that localize to key subcellular structures and are not known to disrupt the organization, dynamics, or function of the labeled protein/cellular structure upon tagging.


    Tienen 30 líneas celulares a día de hoy, en Cell Catalog  y seis más en elaboración, de las que presentan información fotográfica de las células con las fluorescencia, tanto estática como vídeos.

    Es de destacar la voluntad de total transparencia pues describen sus métodos con abundante documentación, de como hacen en cada una de las fases del proceso, porque el objetivo de open source, de poner al servicio de la comunidad científica toda la información que se genere, preside el proyecto.

    Las lineas celulares generadas están a la venta con diferente precio para la industria y la academia.

    En la tabla inferior los identificadores de Cell Line ID Protein, Gene Name (gene symbol), Tagged alleles, Structure, Fluorescent Tag, Tag Location y Parental Line, ordenados por Structure



    Cell Line ID Protein

    Gene Name (gene symbol)

    Tagged alleles

    Structure

    Fluorescent Tag

    Tag Location

    Parental Line

    16 Beta actin

    Actin beta(ACTB)

    mono

    Actin filaments

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    24 Non-muscle myosin heavy chain IIB

    Myosin heavy chain 10(MYH10)

    mono

    Actomyosin bundles

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    58 Beta catenin

    Catenin beta 1(CTNNB1)

    mono

    Adherens junctions

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    30 LC3

    Microtubule associated protein 1 light chain 3 beta(MAP1LC3B)

    mono

    Autophagosomes

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    32 Centrin-2

    Centrin 2(CETN2)

    mono

    Centrosome

    mTagRFP-T

    N-terminus

    WTC

    36 NA

    Safe harbor locus(AAVS1)

    mono

    Cytoplasm

    mEGFP

    NA

    WTC

    17 Desmoplakin

    Desmoplakin(DSP)

    mono

    Desmosomes

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    10 Sec61 beta

    Sec61 translocon beta subunit(SEC61B)

    mono

    Endoplasmic reticulum

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    40 Ras-related protein Rab-5A

    RAB5A, member RAS oncogene family(RAB5A)

    mono

    Endosomes

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    40 Ras-related protein Rab-5A

    RAB5A, member RAS oncogene family(RAB5A)

    bi

    Endosomes

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    53 Connexin-43

    Gap junction protein alpha 1(GJA1)

    mono

    Gap junction

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    25 Sialyltransferase 1

    ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1(ST6GAL1)

    mono

    Golgi

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    25 Sialyltransferase 1

    ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1(ST6GAL1)

    bi

    Golgi

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    61 Histone H2B type 1-J New

    Histone cluster 1 H2B family member j(HIST1H2BJ)

    mono

    Histones

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    22 LAMP-1

    Lysosomal associated membrane protein 1(LAMP1)

    mono

    Lysosome

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    05 Paxillin

    Paxillin(PXN)

    mono

    Matrix adhesions

    EGFP

    C-terminus

    WTC

    12 Alpha tubulin

    Tubulin-alpha 1b(TUBA1B)

    mono

    Microtubules

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    31 Alpha tubulin

    Tubulin-alpha 1b(TUBA1B)

    mono

    Microtubules

    mTagRFP-T

    N-terminus

    WTC

    11 TOM20

    Translocase of outer mitochondrial membrane 20(TOMM20)

    mono

    Mitochondria

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    13 Nuclear lamin B1

    Lamin B1(LMNB1)

    mono

    Nuclear envelope

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    69 Nucleoporin Nup153 New

    Nucleoporin 153(NUP153)

    mono

    Nuclear pores

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    14 Fibrillarin

    Fibrillarin(FBL)

    mono

    Nucleolus (Dense Fibrillar Component)

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    57 Nucleophosmin

    Nucleophosmin 1(NPM1)

    mono

    Nucleolus (Granular Component)

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    33 Peroxisomal membrane protein PMP34

    Solute carrier family 25 member 17(SLC25A17)

    mono

    Peroxisomes

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    54 NA

    Safe harbor locus(AAVS1)

    mono

    Plasma membrane

    mTagRFPT-CAAX

    NA

    WTC

    48 Titin New

    Titin(TTN)

    mono

    Sarcomere (M-line tag)

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    52 MLC-2a New

    Myosin light chain 7(MYL7)

    mono

    Sarcomeric thick filaments

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    60 MLC-2v New

    Myosin light chain 2(MYL2)

    mono

    Sarcomeric thick filaments

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    37 Troponin I, slow skeletal muscle

    Troponin I1, slow skeletal type(TNNI1)

    mono

    Sarcomeric thin filament

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    46 SERCA2 New

    ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2(ATP2A2)

    mono

    Sarcoplasmic Reticulum/Endoplasmic Reticulum

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    23 Tight junction protein ZO1

    Tight junction protein 1(TJP1)

    mono

    Tight junctions

    mEGFP

    N-terminus

    WTC


    2018-12-02 18:43 | 0 Comentarios


    2018-11-25

    Normativa de OMG´s

    Hablábamos por el mes de mayo de Medicamentos de terapias avanzadas vistos desde la normativa  y la reciente entrada sobre ¿Quién, donde  y en que se investiga en España en ATMP´s? me ha hecho entender que  tenía que ser ésta la siguiente: una búsqueda de la normativa sobre OMG´s.

    Además de la Ley 9/2003, de 25 de abril, por la que se establece el régimen jurídico de la utilización confinada, liberación voluntaria y comercialización de organismos modificados genéticamente que da pié al registro de Comunicaciones de Riesgo mediomabiental de la liberación de OMG´s, existe normativa de desarrollo como el Real Decreto 178/2004, de 30 de enero, por el que se aprueba el Reglamento general para el desarrollo y ejecución de la Ley 9/2003, de 25 de abril, por la que se establece el régimen jurídico de la utilización confinada, liberación voluntaria y comercial.

    También hay normativa de UE de la que la arriba mencionada Ley es su transposición:

     En la página web del Miteco está recopilada la Normativa Española , y también  la Europea  de la que hay normativa específica para alimentos y plantas que no sería de aplicación en los usos para producir medicamentos.

    Notas  Decisión de la Comisión 2000/608/CE, de 27 de septiembre de 2000, referente a las notas de orientación para la evaluación del riesgo descrita en el anexo III de la Directiva 90/219/CEE relativa a la utilización confinada de microorganismos modificados genéticamente.

    Inocuidad    Decisión del Consejo 2001/204/CE, de 8 de marzo de 2001, por la que se completa la Directiva 90/219/CEE con respecto a los criterios por los que se establece la inocuidad de los microorganismos modificados genéticamente para la salud humana y el medio ambiente.

    Notas    Decisión de la Comisión 2002/623/CE, de 24 de julio de 2002, por la que se establecen unas notas de orientación complementarias al anexo II de la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo sobre la liberación intencional en el medio ambiente de organismos modificados genéticamente.

    Notas     Decisión del Consejo 2002/811/CE, de 3 de octubre de 2002, por la que se establecen unas notas de orientación complementarias al anexo VII de la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo sobre la liberación intencional en el medio ambiente de organismos modificados genéticamente.

    Modelo     Decisión del Consejo 2002/812/CE, de 3 de octubre de 2002, por la que se establece, de conformidad con la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, el modelo de resumen de la notificación de la puesta en el mercado de organismos modificados genéticamente como producto o componente de productos.

    Modelo    Decisión del Consejo 2002/813/CE, de 3 de octubre de 2002, por la que se establece, de conformidad con la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, el modelo de resumen de la notificación de la liberación intencional en el medio ambiente de organismos modificados genéticamente para fines distintos de su puesta en el mercado.

    Plantas     Decisión de la Comisión 2003/701/CE, de 29 de septiembre de 2003, por la que se establece un modelo para la presentación de los resultados de la liberación intencional en el medio ambiente de plantas superiores modificadas genéticamente con una finalidad distinta de la de su comercialización con arreglo a la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo.

    Alimentos      Reglamento 1829/2003, de 22 de septiembre de 2003, sobre alimentos y piensos modificados genéticamente.

    Trazabilidad  alimentos    Reglamento 1830/2003, de 22 de septiembre de 2003, relativo a la trazabilidad y al etiquetado de organismos modificados genéticamente y a la trazabilidad de los alimentos y piensos producidos a partir de éstos, y por el que se modifica a la Directiva 2001/18/CE.

    Movimiento transfronterizo  Reglamento 1943/2003 del Parlamento Europeo y del Consejo, de 15 de julio de 2003, relativo al movimiento transfronterizo de OGMs.

    Identificadores  Reglamento 65/2004 de la Comisión, de 14 de enero de 2004, por el que se establece un sistema de creación y asignación de identificadores únicos a los organismos modificados genéticamente.

    Modificaciones    Decisión de la Comisión 2004/204/CE, de 23 de febrero de 2004, por la que se establecen las disposiciones pormenorizadas de funcionamiento de los registros para la recogida de la información relativa a las modificaciones genéticas de los OGM, previstos por la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo.

    Alimentos  Reglamento 641/2004 de la Comisión, de 6 de abril de 2004, sobre las normas de desarrollo del Reglamento (CE) 1829/2003 del Parlamento Europeo y del Consejo, en lo relativo a la solicitud de autorización de nuevos alimentos y piensos modificados genéticamente, la notificación de productos existentes y la presencia accidental o técnicamente inevitable de material modificado genéticamente cuya evaluación de riesgo haya sido favorable.

    Muestreo y detección     Recomendación de la Comisión 2004/787/CE, de 4 de octubre de 2004, relativa a las directrices técnicas de muestreo y detección de organismos modifiados genéticamente y de material producido a partir de organismos modificados genéticamente, como productos o incorporados a productos, en el marco del Reglamento (CE) no 1830/2003

    Notas    Decisión de la Comisión 2005/174/CE, de 28 de febrero de 2005, por la que se establecen notas de orientación complementarias de la parte B del anexo II de la Directiva 90/219/CEE del Consejo, relativa a la utilización confinada de microorganismos modificados genéticamente. La directiva 90/219  https://ec.europa.eu/health/sites/health/files/files/eudralex/vol-1/dir_1990_219/dir_1990_219_en.pdf

    Art. 32     Reglamento 1981/2006 de la Comisión, de 22 de diciembre de 2006, sobre las normas de desarrollo del artículo 32 del Reglamento (CE) 1829/2003 del Parlamento Europeo y del Consejo, en lo relativo al laboratorio comunitario de referencia para los organismos modificado genéticamente.

    Liberación internacional      Directiva 2008/27/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 11 de marzo de 2008, que modifica a la Directiva 2001/18/CE sobre la liberación intencional en el medio ambiente de organismos modificados genéticamente.

    Modelos    Decisión de la Comisión 2009/770/CE, de 13 de octubre de 2009, que establece los modelos normalizados para la presentación de los resultados del seguimiento de la liberación intencional en el medio ambiente de organismos modificados genéticamente, como productos o componentes de productos, para su comercialización, de conformidad con la Directiva 2001/18/CE del Parlamento Europeo y del Consejo.

    Medidas nacionales cultivos    Recomendación de la Comisión 2010/CE 200/01, de 13 de julio de 2010, sobre directrices para el desarrollo de medidas nacionales de coexistencia destinadas a evitar la presencia accidental de OMG en cultivos convencionales y ecológicos

    Alimentos    Reglamento de ejecución (UE) nº 503/2013 de la Comisión, de 3 de abril de 2013, relativo a las solicitudes de autorización de alimentos y piensos modificados genéticamente de conformidad con el Reglamento (CE) nº 1829/2003 del Parlamento Europeo y del Consejo y por el que se modifican el Regalmento (CE) nº 641/2004 y el Reglamento (CE) nº 1981/2006

    Prohibición cultivos  por EEMM     Directiva (UE) 2015/412 del Parlamento Europeo y del Consejo, de 11 de marzo de 2015, por la que se modifica la Directiva 2001/18/CE en lo que respecta a la posibilidad de que los Estados miembros restrinjan o prohíban el cultivo de organismos modificados genéticamente en su territorio

    Maiz    Decisión de ejecución (UE) 2016/321 de la Comisión, de 3 de marzo de 2016, por la que se adapta el ámbito geográfico de la autorización de cultivo del maíz (Zea mays L.) modificado genéticamente MON 810

    También se recopila la normativa internacional

    2018-11-25 12:57 | 0 Comentarios


    2018-11-17

    ¿Quién, donde y en qué se investiga en España en ATMP´s?

    La investigación en ATMP´s pasa por el uso de vectores que lleven a las células in vivo ó exvivo el material genético que va a resolver el problema en cuestión. La Ley 9/2003, de 25 de abril, por la que se establece el régimen jurídico de la utilización confinada, liberación voluntaria y comercialización de organismos modificados genéticamente establece entre otros extremos (art. 12)  la obligación de obtener la autorización de la Administración competente en los casos de la liberación voluntaria de OMG.

    En la página web del Ministerio para la Transición Ecológica están expuestas la Evaluaciones de Riesgo Medioambiental de los organismos para los que ha sido solicitado y concedido. Son OMG´s con finalidad agrícola, de uso en sanidad animal ó en salud humana. Hemos recopilado de aquellos que tienen finalidad en medicina humana y abajo presentamos los datos agregados. Hemos tabulado datos de año de solicitud, riesgo que se evalúa (tipo de OMG que se libera), centros participantes en el ensayo clínico, indicaciones terapéuticas del producto y laboratorio promotor del ensayo clínico. Estos datos no en todos los casos se han podido objetivar.

    Resultados:

    notificaciones: hemos contabilizado 62 en total, que van del año 2004 al 2018, siendo la última de 12 de julio de 2018.  Los datos por año se presentan en la tabla de abajo. Se ve un importante pico (14) en 2017 que en el 2018 no parece vaya a alcanzarse.

    Notificaciones de riesgo por año

    año      

    --Nº--  

    18

    6

    17

    14

    16

    8

    15

    9

    14

    4

    13

    3

    12

    9

    11

    3

    10

    1

    09

    1

    08

    3

    06

    1

    -¿Qué son los riesgos comunicados? Hemos homogeneizado las denominaciones para no clasificar como diferente lo que es igual y diferenciado en vacunas lo que serían vacunas contra virus de los que son vacunas contra tumores, que los identificamos con un (*). Una vacuna contra el Parkinson corresponde al (**)


    Riesgos comunicados

    Número

    ADENOVIRUS MODIFICADOS GENÉTICAMENTE

    8

    CÉLULAS CD34+ MODIFICADAS GENÉTICAMENTE

    2

    CÉLULAS T MODIFICADAS GENÉTICAMENTE

    15

    CITOMEGALOVIRUS MODIFICADOS GENÉTICAMENTE

    1

    DOS VIRUS MODIFICADOS GENÉTICAMENTE

    1

    HERPESVIRUS SIMPLE DE TIPO 1 MODIFICADO GENÉTICAMENTE

    8

    LISTERIA MONOCYTOGENES MODIFICADA GENÉTICAMENTE

    2

    VACUNA MODIFICADA GENETICAMENTE

    4

    VACUNA MODIFICADA GENETICAMENTE(*)

    6

    VACUNA MODIFICADA GENETICAMENTE(**)

    1

    VECTOR DE TERAPIA GÉNICA MODIFICADO GENÉTICAMENTE

    2

    VIRUS ADENOASOCIADOS MODIFICADOS GENÉTICAMENTE

    9

    VIRUS DE LA ESTOMATITIS VESICULAR (VSV) MODIFICADO GENÉTICAMENTE (VACUNA BPSC-1001/rVSV∆G-ZEBOV GP/V920)

    1

    VIRUS VACCINIA MODIFICADO GENÉTICAMENTE

    2


    centros de investigación: al menos 62 centros participan en los ensayos clínicos. Hay un total de 157 participaciones en los ensayos clínicos. En 4 estudios,- que aparecen los dos primeros y los dos últimos en el listado de abajo -, no se dice en qué centros se lleva a cabo el ensayo clínico. Los centros con más participaciones y el porcentaje de su participación sobre el total son:


    Nº participaciones 

             %


    Hospital Clínic de Barcelona

    15

    9,26%

    Clínica Universidad de Navarra

    13

    8,02%

    Hospital Universitario 12 de Octubre

    11

    6,79%


    Estos tres hospitales representan el 24% de las participaciones de centros en los ensayos clínicos.

    Centro participante en ensayo clínico

     Num 

    11 centros hospitalarios europeos


    14 centrosentros sanitarios en España en los que se administran vacunas pediátricas con frecuencia.


    Área de Vacunas del Centro de Investigación en Salud Pública de Valencia

    1

    Clínica Universidad de Navarra

    13

    Complejo Asistencial Universitario de Salamanca

    1

    Complejo Hospitalario de Jaén

    1

    Complejo Hospitalario Regional de Málaga

    3

    Complejo Hospitalario Regional Virgen Macarena

    1

    Complexo Hospitalario Universitario de Ourense

    2

    Corporació Sanitària Parc Taulí de Sabadell

    2

    Fundación Estudio Hepatitis Virales de Madrid

    1

    Fundación Instituto Valenciano de Oncología (IVO)

    1

    Fundación Oncologikoa Fundatzioa

    1

    Hospital de Fuenlabrada

    1

    Hospital Clínic de Barcelona

    15

    Hospital Clínico San Carlos

    1

    Hospital Clínico Universitario de Santiago

    2

    Hospital Clínico Universitario de Valencia (Valencia)

    1

    Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa

    1

    Hospital Clínico Universitario Virgen de la Arrixaca

    1

    Hospital de la Santa Creu i Sant Pau

    3

    Hospital de Navarra

    1

    Hospital de Nuestra Señora de Valme en Sevilla

    1

    Hospital de Santiago de Compostela

    1

    Hospital del Mar de Barcelona

    1

    Hospital General Universitario de Elche

    2

    Hospital General Universitario de Valencia

    4

    Hospital General Universitario Gregorio Marañón

    4

    Hospital Infantil Niño Jesús de Madrid

    1

    Hospital Infantil Universitario Niño Jesús

    6

    Hospital Marqués de Valdecilla

    1

    Hospital Ramón y Cajal

    1

    Hospital Regional Universitario de Málaga

    1

    Hospital Sant Joan de Déu de Barcelona

    5

    Hospital Severo Ochoa

    1

    Hospital Son Llatzer de Palma de Mallorca

    2

    Hospital Universitari Germans Trias i Pujol (Badalona)

    7

    Hospital Universitari i Politecnic La Fe

    3

    Hospital Universitari Quirón Dexeus de Barcelona

    1

    Hospital Universitari Vall d’Hebrón

    1

    Hospital Universitari Vall d'Hebrón

    3

    Hospital Universitario 12 de Octubre

    11

    Hospital Universitario Central de Asturias

    2

    Hospital Universitario Cruces de Vizcaya

    4

    Hospital Universitario de Bellvitge (Barcelona).

    1

    Hospital Universitario de la Princesa de Madrid

    1

    Hospital Universitario de Málaga

    1

    Hospital Universitario de Móstoles de Madrid

    1

    Hospital Universitario de Salamanca

    2

    Hospital Universitario Fundación Jiménez Díaz

    5

    Hospital Universitario La Paz

    7

    Hospital Universitario Madrid Sanchinarro

    5

    Hospital Universitario Quirón Dexeus

    1

    Hospital Universitario Ramon y Cajal

    1

    Hospital Universitario Reina Sofía

    1

    Hospital Universitario Son Espases

    1

    Hospital Universitario Virgen de la Victoria

    1

    Hospital Universitario Virgen del Rocio

    1

    Hospital Virgen del Rocío (Sevilla)

    1

    Institut Catalá de Oncología Hospital Duran i Reynals

    4

    Institut Català d'Oncologia (ICO) de Girona

    1

    Institut Català d'Oncología (ICO) de l'Hospitalet de Llobregat

    2

    Instituto Catalán de Oncología (Barcelona)

    1

    Instituto Valenciano de Oncología

    1

    Tan pronto como el notificador conozca los hospitales españoles que van a participar en ese estudio deberá comunicarlo a la Comisión Nacional de Bioseguridad (CNB)


    varios hospitales españoles


    Agrupados los datos por  CCAA de ubicación del centro se obtiene los datos de la tabla siguiente:

    CCAA

    Número

    Madrid

    48

    Cataluña

    48

    Navarra

    14

    Comunidad Valenciana

    13

    Andalucia

    11

    País Vasco

    5

    Galicia

    5


    4

    Castilla-León

    3

    Baleares

    3

    Asturias

    2

    Murcia

    1

    Cantabria

    1

    Aragón

    1



    - las indicaciones,  para las que se ha construido estos medicamentos se pueden agrupar por mayor ó menor detalle. Los diversos tipos de cáncer son la gran mayoría de las dianas (42),  vacunas contra enfermedades infecciosas (6), con algunos  antiinfecciosos (4), hematológicos (4), metabólicos, (4), problemas neurológicos (1) y hematológicos (1). Presentamos la lista de las 37 en la siguiente tabla:


    Indicaciones

    Número

    adenocarcinoma renal

    1

    Anemia Fanconi

    1

    cáncer de prostata

    1

    cancer pancreas

    1

    cáncer piel

    1

    cáncer pulmón

    1

    Cáncer SNC

    1

    Cáncer útero

    1

    carcinoma colorrectal

    1

    CPNM

    3

    deficit LAD-I

    1

    deficit OTC

    1

    deficit PQE

    1

    Glioblastoma

    3

    gliomas

    1

    Hemofilia

    2

    Hepatitis C

    1

    hepatocarcinoma

    3

    LLA

    3

    LLA con transplante haploidéntico

    1

    LLA-B

    2

    LLA-B y LNH-B

    1

    LNH-B

    3

    Melanoma

    6

    MM

    2

    MPS III tipo A

    1

    MPS III tipo B

    2

    neoplasia intraepitelial

    1

    PAI

    1

    Parkinson

    1

    tumores hepáticos

    1

    Tumores sólidos

    4

    vacuna CMV

    1

    Vacuna Ebola

    1

    vacuna VIH

    2

    VACUNA VRS

    2

    VIH

    2

    - por laboratorio farmacéutico promotor del ensayo clínico. encontramos 35 opciones de las que 3 son NVE: No Veo Empresa. Amgen es quién más promueve, que responde a los 6 de Melanoma por su producto Imlygic con esta indicación.


    Laboratorios

    numero

    Abeona Therapeutics Inc.

    2

    Adaptimmune LLC

    3

    Aelix Therapeutic

    1

    Amgen Limited, UK

    7

    Bavarian Nordic

    1

    BAXALTA INNOVATIONS

    1

    Bayer

    1

    Bellicum Pharmaceutical Inc

    1

    Celgene Corporation

    5

    CIEMAT

    1

    Clínica Universitaria de Navarra

    1

    CLINISTEM

    2

    Digna Biotech

    1

    Dimension Therapeutics, Inc,

    1

    FIBHNJS

    2

    GSK

    1

    IrsiCaixa

    3

    Janssen-Cilag International

    1

    Kite Pharma

    1

    Laboratorios Esteve

    1

    MedImune

    1

    Merck Sharp&Dohme

    2

    MolMed Spa

    1

    Novartis

    2

    NVE

    2

    NVE ¿CUN?

    4

    NVE ¿Novartis?

    1

    Parexel Internacional, S.L,

    1

    Quintiles Limited

    1

    Roche

    1

    Sanofi Aventis

    1

    Theradex

    1

    Transgene

    2

    VCN Biosciences

    2

    Voisin Consulting

    3

    Algunos de los productos de los ensayos clínicos  ya están autorizados por la EMA


    ATMP autorizado

    Laboratorio

    Notificaciones

    Imlygic

    Amgen Limited, UK

    7

    Kymriah

    Novartis

    1

    Yescarta

    Kite Pharma

    1

    Zalmoxis

    MolMed Spa

    1

    2018-11-17 06:55 | 0 Comentarios


    2018-11-07

    ¿Cuantas células constituyen la vida de una persona?

    Tras seguir online el congreso de la gente de Human Cell  Atlas en Harvard e ir tomando conciencia de lo inmenso del objetivo: células del desarrollo, células sanas, células enfermas, hombres/mujeres, múltiples técnicas de análisis celular, etc. etc.  me ha movido la curiosidad por ver ¿cuantas células tiene un cuerpo humano?, las que los chicos y chicas de HCA quieren tipificar.

    He encontrado el artículo de Bianconi et al: An estimation of the number of cells in the human body  en el que hacen un cálculo del número total de células de un varón de 30 años y 70 kg de peso a partir de dar por buenos algunos cálculos hechos por otros en algunos órganos y de calcular ellos en otros. Tiene el artículo una tabla que reproduzco ordenada de más abundantes a menos con el nº de células y su porcentaje

    Tipo celular

    nº                   

                                            %

    Erythrocytes

    2,6300E+13

    7,6479E-01

    Glial cells 

    3,0000E+12

    8,7238E-02

    Skin Dermal fibroblasts

    1,8500E+12

    5,3797E-02

    Platelets 

    1,4500E+12

    4,2165E-02

    Nucleate cells

    7,5300E+11

    2,1897E-02

    Hepatocytes 

    2,4100E+11

    7,0081E-03

    Endothelial cells 

    1,4100E+11

    4,1002E-03

    Interstitial cells 

    1,3700E+11

    3,9839E-03

    Neurons 

    1,0000E+11

    2,9079E-03

    Kupffer cells 

    9,6300E+10

    2,8003E-03

    Alveolar cells (type II)

    6,9900E+10

    2,0326E-03

    Leucocytes 

    5,1700E+10

    1,5034E-03

    Adipose tissue Adipocytes

    5,0000E+10

    1,4540E-03

    Alveolar cells (type I) 

    3,8600E+10

    1,1225E-03

    Alveolar macrophages

    2,9000E+10

    8,4330E-04

    Stellate cells

    2,4100E+10

    7,0081E-04

     Satellite cells 

    1,5000E+10

    4,3619E-04

    Kidney Glomerulus total cells

    1,0300E+10

    2,9952E-04

    Ciliated cells

    7,6800E+09

    2,2333E-04

    Basal cells

    4,3200E+09

    1,2562E-04

    Connective tissue cells 

    4,0900E+09

    1,1893E-04

    Indeterminate bronchial/bronchiolar cells

    3,3000E+09

    9,5962E-05

    Pancreas Islet cells 

    2,9500E+09

    8,5784E-05

    Heart muscle cells

    2,0000E+09

    5,8159E-05

    Goblet cells

    1,7400E+09

    5,0598E-05

    Gallbladder smooth myocytes 

    1,5800E+09

    4,5945E-05

    Cortical osteocytes 

    1,1000E+09

    3,1987E-05

    Preciliated cells

    1,0300E+09

    2,9952E-05

    Trabecular osteocytes 

    7,1100E+08

    2,0675E-05

    Other bronchial/bronchiolar secretory cells

    4,4900E+08

    1,3057E-05

    Muscle fibers 

    2,5000E+08

    7,2698E-06

    Gallbladder epithelial cells

    1,6100E+08

    4,6818E-06

    Femoral cartilage cells

    1,4900E+08

    4,3328E-06

    Humeral head cartilage cells

    1,2300E+08

    3,5768E-06

    Talus cartilage cells

    8,0600E+07

    2,3438E-06

    Biliary ducts epithelial cells

    7,0300E+07

    2,0443E-06

    Gallbladder other stromal cells

    8,4800E+06

    2,4659E-07

    Gallbladder Interstitial Cajallike cells 

    4,9400E+05

    1,4365E-08

    Total

    3,4389E+13


    Diremos que no nos salen los 3.72 × 1013   . que obtienen Bianconi et al sino 3,4389E+13 y  hay que decir que los 39 tipos celulares que refieren quedarían lejos de los 200  o casi 300 que se está barajando

    Y ahora, por aquello del más difícil todavía, me pregunto  ¿Cuantas células constituyen la vida de una persona?

    Podemos asumir que esta persona es el mismo varón del trabajo de Bianconi, que vivirá 80 años, morirá el día en que los cumpla, y habría nacido de un embarazo de 38 semanas.

    He intentado a bordar el cálculo del número de hematíes, porque son los más abundantes (78%) y porque parecía fácil. Un hematíe vive 120 días, luego en 120 días se ha de fabricar los hematíes que dicen Bienconi et al que tenemos, (2,63E+13) y podemos estimar los hematíes que se fabrica por día (2,08E+11) y a partir de ello  estimamos cuantos hematíes fabrica un kilo de persona por día (2,98E+09).

    Obtenido la producción de hematíes por kg de persona y día  si obtenemos los pesos de su etapa de feto, de niño y de adulto podremos estimar la producción de hematíes. Los pesos de los fetos  los obtengo de Guiainfantil.com , los de los niños desde 0 de hasta 18 años a partir de las tablas de Orbegozo y  los de los adultos del Anthropometric Reference Data for Children and Adults:United States, 2011–2014 del CDC- porque tras varias horas de búsqueda no he podido obtener otras dado que lo habitual es buscar el peso ideal de acuerdo con el peso y la talla, no el peso por edad - . Los pesos utilizados en niños y adultos son el percentil 50 (P50).  Multiplicando pesos por la producción por kg y día estimamos los eritrocitos que se produciría.

    ESTIMACION PRODUCCION HEMATIES 

    EN FETO

    mes

    peso en kg

    hemat mes

    1

    0,0005

    4,46E+07

    2

    0,005

    4,46E+08

    3

    0,05

    4,46E+09

    4

    0,15

    1,34E+10

    5

    0,245

    2,19E+10

    6

    0,64

    5,71E+10

    7

    1,2

    1,07E+11

    8

    2,5

    2,23E+11

    9

    3

    2,68E+11

    Total

    6,96E+11



    Produccion hematies  niño

    .

    peso (kg)

    hematies

    Nacimiento

    4,41

    3

    meses

    6,26

    1,68E+12

    6

    meses

    8,02

    2,15E+12

    9

    meses

    9,24

    2,48E+12

    1

    año

    10,15

    2,72E+12

    1,5

    años

    11,45

    6,13E+12

    2

    años

    12,7

    6,80E+12

    2,5

    años

    13,84

    7,41E+12

    3

    años

    14,84

    7,95E+12

    3,5

    años

    15,92

    8,53E+12

    4

    años

    16,9

    9,05E+12

    4,5

    años

    17,95

    9,62E+12

    5

    años

    19,06

    1,02E+13

    5,5

    años

    20,24

    1,08E+13

    6

    años

    21,4

    1,15E+13

    6,5

    años

    22,6

    1,21E+13

    7

    años

    23,26

    1,25E+13

    7,5

    años

    24,39

    1,31E+13

    8

    años

    25,64

    1,37E+13

    8,5

    años

    27,04

    1,45E+13

    9

    años

    28,6

    1,53E+13

    9,5

    años

    30,32

    1,62E+13

    10

    años

    32,22

    1,73E+13

    10,5

    años

    34,28

    1,84E+13

    11

    años

    36,51

    1,96E+13

    11,5

    años

    38,88

    2,08E+13

    12

    años

    41,38

    2,22E+13

    12,5

    años

    43,99

    2,36E+13

    13

    años

    46,68

    2,50E+13

    13,5

    años

    49,41

    2,65E+13

    14

    años

    52,15

    2,79E+13

    14,5

    años

    54,86

    2,94E+13

    15

    años

    57,49

    3,08E+13

    15,5

    años

    59,98

    3,21E+13

    16

    años

    62,27

    3,34E+13

    16,5

    años

    64,31

    3,45E+13

    17

    años

    66,03

    3,54E+13

    17,5

    años

    67,35

    3,61E+13

    18

    años

    68,19

    1,46E+14

    Total

    7,73E+14


    Producción hematies adulto

    años

    peso (kg)

    hemat por 10 años

    20–29

    84,70

    9,20E+14

    30–39

    90,20

    9,80E+14

    40–49

    91,50

    9,94E+14

    50–59

    90,50

    9,83E+14

    60–69

    90,60

    9,84E+14

    70–79

    85,80

    9,32E+14

    80a

    79,20

    8,60E+14

    Total                                          6,65E+15


    Los resultados por etapas de la vida son:

    Total feto

    6,96E+11

    Total niño

    7,73E+14

    Total adulto

    6,65E+15

    TOTAL

    7,43E+15


    Así pues obtenemos que el número de hematíes sería de 7,43E+15. Se parte de que un kg de persona tiene a lo largo de la vida la misma capacidad de producir eritrocitos y ello lleva a que en cada uno de los 30 primeros días de vida, `por ejemplo, en los que el feto pesa 0,5 gr al final del mes tenga una estimación de que se haya producido 4,46E+07 hematíes, es decir más de un millón al día, cosa poco verosimil los primeros días después de la concepción. Como se vé no entro en si son realmente hematíes ó sus precursores (The embryonic origins of erythropoiesis in mammals )

    Otro inconveniente es que estos cálculos hechos a partir del peso, están  hechos sobre el percentil 50 (P50) en los  pesos de niño y de adulto,  mientras  que el varon de 30 años y 70g no está en el P50 sino en el P25 de las tablas americanas.

     Cualquier aportación de mejora del cálculo será bienvenida.

    2018-11-07 19:44 | 3 Comentarios


    2018-11-02

    Unos apuntes sobre 23andme

    Hasta esta entrada he citado a 23andme en 3 ocasiones en este blog: hablando de los GWAS, hablando de UK BIOBANK  y en la reciente entrada sobre el R&S de GSK y tras ésta me ha  parecido conveniente hacer una entrada sobre 23andme.

    He encontrado un par de enlaces donde cuentan muchas cosas sobre la empresa y me limitaré a poner los enlaces: uno el de wikipedia en inglés y otro en Nature The rise and fall and rise again of 23andMe de Octubre de 2017.

    Entiendo que 23andme  - además ser fuerte en el mercado de los ancestros - se debate entre llegar a un mercado masivo ofreciendo cosas que la FDA  le va reconduciendo a no hacer y un mercado más reducido de cosas más fundamentadas científicamente.

    Por el momento, tiene autorizado: FDA allows marketing of first direct-to-consumer tests that provide genetic risk information for certain conditions que son:

    También tiene autorizado:

    FDA authorizes, with special controls, direct-to-consumer test that reports three mutations in the BRCA breast cancer genes no debiéndose utilizar como test diagnósticos sino como test genéticos, entiendo que dando el valor que tiene con el apoyo de un profesional.

    Lo comentado en la entrada sobre GSK me parece un acercamiento a la estrategia rigurosa de utilizar la información obtenida mediante el genotipado, que no de la secuenciación, para lo que hay más fundamento para utilizar. En esta línea, más próxima a la ciencia que al mercado, cabría citar que en Pubmed hay  246 citas con 23andme; 105 citas con 23andme y GWAS,  2 con 23andme y Phewas, Un reciente artículo Phenome-wide association studies across large population cohorts support drug target validation tendría que ver con los posibles nuevos usos de la información genética obtenida.

    También en ClinicalTrials.gov hay un ensayo en el que participa 23andme Study of myMS in Participants With a Diagnosis of Multiple Sclerosis :

    This is a pilot study looking at the feasibility of a mobile application (app) to collect data from active tasks (questionnaires, 6Mapp™, COGapp™, VISapp™), clinical magnetic resonance imaging information and conduct genome-wide association studies in subjects with multiple sclerosis


    2018-11-02 16:01 | 5 Comentarios


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