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    Inicio > Historias > Allen Institute for Cell Science, otra iniciativa de base celular a seguir 2018-12-02

    Allen Institute for Cell Science, otra iniciativa de base celular a seguir

    Hablábamos de Human Cell Atlas y su iniciativa de tipificar las células humanas y en esta orientación hacia las células  hay que nombrar otra iniciativa tan interesante como aquella: Allen  Institute for Cell Science, que el próximo día 8 de diciembre de 2018 cumplirá 4 años y fue puesta en marcha por Paul Allen, empresario - creador con Bill Gates de Microsoft - y de otras muchas empresas, filántropo prolífico que  falleció el pasado 15 de octubre de 2018.

    Dicen ellos:

    Our MissionThe mission of the Allen Institute for Cell Science is to create dynamic and multi-scale visual models of cell organization, dynamics and activities that capture experimental observation, theory and prediction to understand and predict cellular behavior in its normal, regenerative, and pathological contexts.

    También dicen:

    Launched with a contribution from Paul G. Allen in 2014, the Allen Institute for Cell Science will serve as a catalyzing force to integrate diverse technologies and approaches at a large scale in order to study the cell as an integrated system: something that traditional academic labs cannot do. Our inaugural project, the Allen Cell Explorer, will be a novel visual, dynamic, predictive model of the cell that will accelerate cell biology and biomedical research.

    Dijeron en Nature sobre la iniciativa cuando se puso en marcha:

    The Allen Institute for Cell Science, was launched on 8 December, will be modelled on the Microsoft co-founder’s Allen Institute for Brain Science in Seattle, Washington, which since 2003 has spent hundreds of millions of dollars creating a series of ‘brain atlases’ that have become go-to portals for neuroscientists interested in where particular genes are active or how distant neurons communicate.

    Lo que están haciendo es:  a partir de la línea de iPSC denominada WTC (wild type C) producir lineas celulares con estructuras subcelulares etiquetadas con fluoresceína (FP). En cada estructura ( ver listado abajo en tabla) identifican una proteína cuyo gen codificador etiquetan con fluoresceína y ello llevará a proteinas con fluorescencia que permite ver el comportamiento de la estructura.

    Before initiating our editing efforts, we engaged the cell biology community to identify proteins that localize to key subcellular structures and are not known to disrupt the organization, dynamics, or function of the labeled protein/cellular structure upon tagging.


    Tienen 30 líneas celulares a día de hoy, en Cell Catalog  y seis más en elaboración, de las que presentan información fotográfica de las células con las fluorescencia, tanto estática como vídeos.

    Es de destacar la voluntad de total transparencia pues describen sus métodos con abundante documentación, de como hacen en cada una de las fases del proceso, porque el objetivo de open source, de poner al servicio de la comunidad científica toda la información que se genere, preside el proyecto.

    Las lineas celulares generadas están a la venta con diferente precio para la industria y la academia.

    En la tabla inferior los identificadores de Cell Line ID Protein, Gene Name (gene symbol), Tagged alleles, Structure, Fluorescent Tag, Tag Location y Parental Line, ordenados por Structure



    Cell Line ID Protein

    Gene Name (gene symbol)

    Tagged alleles

    Structure

    Fluorescent Tag

    Tag Location

    Parental Line

    16 Beta actin

    Actin beta(ACTB)

    mono

    Actin filaments

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    24 Non-muscle myosin heavy chain IIB

    Myosin heavy chain 10(MYH10)

    mono

    Actomyosin bundles

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    58 Beta catenin

    Catenin beta 1(CTNNB1)

    mono

    Adherens junctions

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    30 LC3

    Microtubule associated protein 1 light chain 3 beta(MAP1LC3B)

    mono

    Autophagosomes

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    32 Centrin-2

    Centrin 2(CETN2)

    mono

    Centrosome

    mTagRFP-T

    N-terminus

    WTC

    36 NA

    Safe harbor locus(AAVS1)

    mono

    Cytoplasm

    mEGFP

    NA

    WTC

    17 Desmoplakin

    Desmoplakin(DSP)

    mono

    Desmosomes

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    10 Sec61 beta

    Sec61 translocon beta subunit(SEC61B)

    mono

    Endoplasmic reticulum

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    40 Ras-related protein Rab-5A

    RAB5A, member RAS oncogene family(RAB5A)

    mono

    Endosomes

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    40 Ras-related protein Rab-5A

    RAB5A, member RAS oncogene family(RAB5A)

    bi

    Endosomes

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    53 Connexin-43

    Gap junction protein alpha 1(GJA1)

    mono

    Gap junction

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    25 Sialyltransferase 1

    ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1(ST6GAL1)

    mono

    Golgi

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    25 Sialyltransferase 1

    ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1(ST6GAL1)

    bi

    Golgi

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    61 Histone H2B type 1-J New

    Histone cluster 1 H2B family member j(HIST1H2BJ)

    mono

    Histones

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    22 LAMP-1

    Lysosomal associated membrane protein 1(LAMP1)

    mono

    Lysosome

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    05 Paxillin

    Paxillin(PXN)

    mono

    Matrix adhesions

    EGFP

    C-terminus

    WTC

    12 Alpha tubulin

    Tubulin-alpha 1b(TUBA1B)

    mono

    Microtubules

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    31 Alpha tubulin

    Tubulin-alpha 1b(TUBA1B)

    mono

    Microtubules

    mTagRFP-T

    N-terminus

    WTC

    11 TOM20

    Translocase of outer mitochondrial membrane 20(TOMM20)

    mono

    Mitochondria

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    13 Nuclear lamin B1

    Lamin B1(LMNB1)

    mono

    Nuclear envelope

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    69 Nucleoporin Nup153 New

    Nucleoporin 153(NUP153)

    mono

    Nuclear pores

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    14 Fibrillarin

    Fibrillarin(FBL)

    mono

    Nucleolus (Dense Fibrillar Component)

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    57 Nucleophosmin

    Nucleophosmin 1(NPM1)

    mono

    Nucleolus (Granular Component)

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    33 Peroxisomal membrane protein PMP34

    Solute carrier family 25 member 17(SLC25A17)

    mono

    Peroxisomes

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    54 NA

    Safe harbor locus(AAVS1)

    mono

    Plasma membrane

    mTagRFPT-CAAX

    NA

    WTC

    48 Titin New

    Titin(TTN)

    mono

    Sarcomere (M-line tag)

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    52 MLC-2a New

    Myosin light chain 7(MYL7)

    mono

    Sarcomeric thick filaments

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    60 MLC-2v New

    Myosin light chain 2(MYL2)

    mono

    Sarcomeric thick filaments

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    37 Troponin I, slow skeletal muscle

    Troponin I1, slow skeletal type(TNNI1)

    mono

    Sarcomeric thin filament

    mEGFP

    C-terminus

    WTC

    46 SERCA2 New

    ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2(ATP2A2)

    mono

    Sarcoplasmic Reticulum/Endoplasmic Reticulum

    mEGFP

    N-terminus

    WTC

    23 Tight junction protein ZO1

    Tight junction protein 1(TJP1)

    mono

    Tight junctions

    mEGFP

    N-terminus

    WTC


    2018-12-02 18:43 | 0 Comentarios


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